Po vydání tolerančního patentu r. 1781 se evangelíci pokusili o obnovení své církve, ve Mšeně usilovali o získání bývalého husitského kostela sv. Jana. Jejich žádost však byla zamítnuta, stali se součástí evangelického sboru v Nebuželích. 29.6.1869 byla ve Mšeně zřízena kazatelská stanice v domě Františka Hulicia v Kostelní ulici čp. 37, v r. 1870 však byla zrušena. Obnovena byla 8.9.1905, bohoslužby se konaly ve dvoraně radnice. - V r. 1905 byl založen stavební fond na výstavbu nového kostela, v říjnu 1922 byla zakoupena budova s rozsáhlou ovocnou zahradou a na tomto pozemku byly v l. 1935-1936 postaveny ve funkcionalistickém slohu sborové budovy (kostel, fara se sborovou místností a kolumbárium), podle návrhu architekta F. Šviháka a stavitele J. Holuba. - Objekt budovy kostela se skládá ze tří odlišných částí: věže, kolumbária a chrámu. Chrám má obdélný půdorys, kolumbárium je nízký přízemní objekt půlkruhového půdorysu a věž, která přiléhá ze západní strany k chrámu a z jižní ke kolumbáriu má čtvercový půdorys. Z původních tří zvonů zde zůstal již jen jeden. - U kostela bronzová busta Jana Amose Komenského.
